文久三年。倒幕派與佐幕派將世間一分為二，刀劍的時代宣告終結的時代——幕末。剛剛作為刀劍男士顯現出來的堀川國廣，與過去曾在同一主君之下戰鬥過的和泉守兼定一起，在雨中的山道全力奔走。 刀劍男士，是審神者使寄宿於刀劍中的思念激發，並使之顯現出來的「付喪神」。他們的使命是將企圖改變歷史而從未來被送來的「時間溯行軍」打倒，守護「正確的歷史」。獲得了陸奧守吉行、藥研藤四郎、蜻蛉切、鶴丸國永這些新夥伴的兩把刀，在動亂的時代投身於與時間溯行軍的戰鬥中。揮舞的刀劍映出的是光，還是影？刀劍男士，就此出陣。